第5季(2006)发生在第4季的一年半后。中心剧情为杰克·鲍尔(基弗·萨瑟兰 饰)为避追捕,已化名弗兰克·富林,并成为一名石油工人,但前总统帕默及前反恐局好友的相继遇害使他不得不重新出山。俄罗斯分离主义者企图干预美俄反恐合作,利用神经毒气威胁将在美国进行大规模袭击。鲍尔逐渐发现恐怖分子的合作人来自白宫高层。主要支线:俄总统夫妇访美,与美国签定反恐军事协定;洛根总统与其夫人之间有矛盾;CTU内部复杂的关系与斗争;CTU遭受神经毒气血洗;CTU改属国土安全部管辖;鲍尔与奥黛丽·瑞恩斯前缘再续;一个秘密集团在操纵美国政府和恐怖袭击。